Phân loại tổ chức quốc tế có thể dựa trên các tiêu chí sau:
+ Theo tiêu chí thành viên:
Theo tiêu chí thành viên, tổ chức quốc tế được chia thành tổ chức quốc tế toàn cầu, tổ chức quốc tế khu vực và tổ chức quốc tế liên khu vực.
Tổ chức quốc tế toàn cầu là tổ chức mang tính phổ cập. Thành viên tham gia các tổ chức quốc tế này là các quốc gia ttên toàn thế giới, có vị trí địa lý, tiềm lực kinh tế, quốc phòng và chế độ chính trị xã hội khác nhau, đáp ứng những điều kiện nhất định để gia nhập tổ chức quốc tế. xếp vào loại các tổ chức quốc tế toàn cầu có thể kể đến Liên hợp quốc, tổ chức đa phương phổ cập lớn nhất hiện nay hoặc WTO. Ngoài ra, các tổ chức chuyên môn thuộc hệ thống Liên hợp quốc như ICAO, WHO… cũng đều là tổ chức toàn cầu.
Các tổ chức quốc tế khu vực là các tổ chức mà thành viên là các quốc gia trong cùng khu vực như Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á, Tổ chức thống nhất châu Phi, Liên minh châu Âu.
Các tổ chức liện khu vực bao gồm các tổ chức liên kết các quốc gia không cùng khu vực địa lý để thực hiện mục tiêu chung, ví dụ Khối hiệp ước Bắc Đại Tây Dương (NATO).
+ Theo tiêu chí phạm vi hoạt động:
Theo tiêu chí này, tổ chức quốc tế có thể chia thành tổ chức quốc tế chung và tổ chức quốc tế chuyên môn. Tổ chức quốc tế chung là tổ chức quổc tể mà mục đích và phạm vi hoạt động của chúng bao trùm lên toàn bộ các lĩnh vực quan hệ quốc tế bao gồm chính trị, kinh tế, xã hội, văn hoá… như Liên hợp quốc, Tổ chức thống nhất châu Phi… Trong khi đó, tổ chức quốc tế chuyên môn là các tổ chức mà mục đích và phạm vi hoạt động của chúng chỉ hạn chế ưong một hoặc một vài lĩnh vực cụ thể như Cơ quan năng lượng nguyên tử quốc tế (IAEA), Quỹ tiền tệ quốc tế (IMF), Tổ chức nông lương quốc tế (FAO).