Là chủ thể của Luật quốc tế, tổ chức quốc tế có quyền năng chủ thể luật quốc tế riêng biệt. Tính chất riêng biệt của quyền năng chủ thể của tổ chửc quốc tế được thể hiện ở những điểm sau:
Thứ nhất, quyền năng của tổ chức quốc tế độc lập với quyền năng chủ thể của các quốc gia thành viên. Điều này bảo đảm tổ chức quốc tế thực hiện hiệu quả các hoạt động trong thẩm quyền chức năng của mình.
Thứ hai, xét về nguồn gốc phát sinh quyền năng chủ thể, quyền năng chủ thể của tổ chức quốc tế là quyền năng chủ thể phái sinh do được các quốc gia thành viên thoà thuận tự nguyện trao cho tổ chức quốc tế.
Thử ba, khác với quốc gia có quyền năng chủ thể đầy đủ, tổ chức quốc tế chỉ có quyền năng chủ thể hạn chế. Ngoài một số quyền năng chủ thể luật quốc tế cơ bản mà bất kỳ chủ thể luật quốc tế nào cũng được thụ hưởng như quyền năng ký kết điều ước quốc tế, quyền ưu đãi và miễn trừ, quyền năng chủ thể của tổ chức quốc tế bị hạn chế trong phạm vi đỉều lệ của tổ chức quốc tế.
Thứ tư, quyền năng chủ thể luật quốc tế của các tổ chức quốc tế khác nhau sẽ không giống nhau.